Com o objetivo de eliminar o lançamento de dejetos de esgoto no Ribeirão Lajeado, tornando o mesmo poluído, o DAEP conta com dois complexos de Lagoas de Estabilização de esgoto, que têm capacidade de tratar 350 litros/segundo, sendo que este processo de estabilização leva cerca de 45 dias para completar o ciclo.

     Com isto, Penápolis possui 100% de esgoto coletado e tratado, tornando-se uma cidade de primeiro mundo. O sistema de tratamento do esgoto do município é do tipo australiano, consistindo de uma Lagoa Anaeróbia, seguida de uma Lagoa Facultativa e uma Lagoa Aeróbia (conhecida também como de Maturação).

     O tratamento preliminar, visando remover sólidos grosseiros, é feito através de grades e caixa de areia, ambas de limpeza manual, em seguida, o esgoto chega na primeira lagoa anaeróbia, onde o oxigênio dissolvido está ausente no processo. Nela ocorrem, simultaneamente, os processos de sedimentação e digestão Anaeróbia. No fundo permanece um depósito de lodo e na superfície formam-se bolhas de gás resultantes da fermentação do mesmo.

     Normalmente sob temperatura em torno de 20º C e com tempo de detenção de 4 a 5 dias, obtém-se abatimento de 40% a 60% da matéria orgânica introduzida na Lagoa. Após este período o esgoto passa para a Lagoa Facultativa, onde as cargas contaminantes de esgoto são degradadas por bactérias Aeróbias e Anaeróbias, o oxigênio necessário para a respiração das bactérias Aeróbias é fornecido pelo ar atmosférico e principalmente pela atividade fotossintética das algas. Nesta Lagoa, uma parte da degradação bacteriana ainda ocorre na ausência de oxigênio, principalmente devido à ausência de luz solar durante o período noturno e ao acúmulo de matéria orgânica no fundo da Lagoa, formando camadas de lodo ao longo do tempo.

     Em seguida o esgoto é liberado para a Lagoa Aeróbia ou de Maturação, onde há presença de grande quantidade de oxigênio oriundo da atividade fotossintética das algas. Na seqüência, o esgoto, já tratado, é devolvido ao Ribeirão Lajeado.

     O tratamento por Lagoa do Tipo Australiano, tem por finalidade o abatimento da carga orgânica, de sólidos e de carga bacteriana, visando a obtenção de adequada diluição dos esgotos no corpo receptor para a preservação ambiental de acordo com a legislação vigente, tendo uma eficiência comprovada pela CETESB em 94% de abatimento dos esgotos.